细胞特---mrna转录的定位，可用于基因图谱，基因表达和基因组进化的研究；组织中---dna/rna的检测和定位，如eb---mrna、人类状瘤---和巨细胞---dna的检测；癌基因、抑癌基因及各种功能基因在转录水平的表达及其变化的检测；基因在染色体上的定位；检测染色体的变化，如染色体数量异常和染色体易位等；分裂间期细胞遗传学的研究，如遗传病的产前诊断和某些遗传病基因携带者的确定，gish，某些的诊断和生物学剂量测定等。
fish是原位杂交技术大家族中的一员，因其所用探针被荧光物质标记（间接或直接）而得名，该方法在80年代末 被发明，现已从实验室逐步进入---诊断领域。基本原理是荧光标记的---探针在变性后与已变性的靶---在退火 温度下复性；通过荧光显微镜观察荧光信号可在不改变被分析对象（即维持其原位）的前提下对靶---进行分析。dna荧光标记探针是其中常用的一类---探针。利用此探针可对组织、细胞或染色体中的dna进行染色体及基因水平 的分析。荧光标记探针不对环境构成污染，灵敏度能得到保障，可进行多色观察分析，因而可同时使用多个探针，缩 短因单个探针分开使用导致的周期过程和技术障碍。
原位杂交法是指将特定标记的已知顺序---为探针与细胞或组织切片中---进行杂交，从而对特定---顺序进行定量定位的方法。原位杂交法可以在细胞标本或组织标本上进行。另有荧光原位杂交使用dna或者rna探针来检测与其互补的另一条链在---或其他真核细胞中的位置rna原位---杂交又称rna原位杂交组织化学或rna原位杂交。
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