在原位杂交过程中，需要使用标记的---探针，通常是在性核素或非性物质中标记的。这些探针可以通过不同的方式制备，例如从已知序列的dna或rna制备，原位杂交，或者通过使用生物信息学方法设计和合成新的探针。
在进行原位杂交时，细胞或组织需要固定在适当的支持物上，例如载玻片。然后，探针与细胞或组织中的dna或rna进行杂交，通常是在加热条件下进行的。接下来，通过洗涤和显影步骤去除未结合的探针和信号增强剂，后用显微镜观察杂交信号的位置。
rna原位---杂交又称rna原位杂交组织化学或rna原位杂交。该技术是指运用crna或寡核苷酸等探针检测细胞和组织内rna表达的一种原位杂交技术。其基本原理是：在细胞或组织结构保持不变的条件下，用标记的已知的rna核苷酸片段，按---杂交中碱基配对原则，与待测细胞或组织中相应的基因片段相结合(杂交)，所形成的杂交体(hybrids)经显色反应后在光学显微镜或电子显微镜下观察其细胞内相应的mrna、rrna和trna分子。rna原位杂交技术经不断改进，其应用的领域已---出dna原位杂交技术。尤其在基因分析和诊断方面能作定性、定位和定量分析，已成为有效的分子病理学技术，原位杂交公司，同时在分析低丰度和罕见的mrna表达方面已展示了分子生物学的一重要方向。
植物原位杂交除了在遗传育种方面的应用，还在其他领域有着广泛的应用，包括：
植物基因研究：植物基因是一种利用基因工程技术来人类遗传---的方法。通过植物原位杂交技术，可以将人类基因导入到植物细胞中，原位杂交技术咨询，并在植物细胞中表达出相应的蛋白质，为基因提供重要的物质基础。
植物抗性研究：植物原位杂交技术可以用于研究植物对环境---的抗性机制，植物原位杂交，例如抗旱、抗盐、抗病等，有助于了解植物在环境---下的生理和分子响应机制。
植物比较研究：通过植物原位杂交技术可以比较不同植物之间基因表达模式的差异，从而为植物分类和进化研究提供重要的参考依据。
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