在ishh，整个实验周期是比较长的，实验程序也比较繁杂，而杂交在ishh整个实验中可被认为是“短兵相接”的一步。杂交前的一切准备工作如增加组织通透性都是为了在杂交这一步骤中---探针能进入细胞或组织与其内的靶核苷酸相结合。因此，杂交是ishh中关键的而且是重要的一个环节。杂交是将杂交液滴于切片组织上，加盖硅化的盖玻片，gish，防止孵育过程中的高温（50℃左右）导致杂交液的蒸发。为---杂交所需的湿润环境，可将其放在盛有少量5×ssc或2×ssc（standard saline citrate， ssc）溶液的硬塑料盒中进行孵育。杂交液的成分和预杂交液基本相同，所不同的是加入了标记的---探针和---葡聚糖。
rna原位---杂交又称rna原位杂交组织化学或rna原位杂交。该技术是指运用crna或寡核苷酸等探针检测细胞和组织内rna表达的一种原位杂交技术。其基本原理是：在细胞或组织结构保持不变的条件下，用标记的已知的rna核苷酸片段，按---杂交中碱基配对原则，与待测细胞或组织中相应的基因片段相结合(杂交)，所形成的杂交体(hybrids)经显色反应后在光学显微镜或电子显微镜下观察其细胞内相应的mrna、rrna和trna分子。rna原位杂交技术经不断改进，其应用的领域已---出dna原位杂交技术。尤其在基因分析和诊断方面能作定性、定位和定量分析，已成为有效的分子病理学技术，同时在分析低丰度和罕见的mrna表达方面已展示了分子生物学的一重要方向。
原位杂交技术是在一定的温度和离子浓度下，使具有特异序列的单链探针通过碱基互补规则与组织细胞内待测的---复性结合而使得组织细胞中的特------得到定位，并通过探针上所标记的检测系统将其在---的原有位置上显示出来。经特定标记的核苷酸链为探针，可与组织切片、细胞或染色体标本中的待检dn---段或mrna进行杂交，然后显示标记物，从而分析待检---的分布和含量。利用此项技术可研究各种基因在染色体上的定位，编码某种蛋白质的mrna在胞质中的表达。
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