在原位杂交过程中，需要使用标记的---探针，通常是在性核素或非性物质中标记的。这些探针可以通过不同的方式制备，例如从已知序列的dna或rna制备，或者通过使用生物信息学方法设计和合成新的探针。
在进行原位杂交时，细胞或组织需要固定在适当的支持物上，例如载玻片。然后，原位杂交，探针与细胞或组织中的dna或rna进行杂交，通常是在加热条件下进行的。接下来，通过洗涤和显影步骤去除未结合的探针和信号增强剂，荧光原位杂交，后用显微镜观察杂交信号的位置。
荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization，fish）是在20世纪80年代末在性原位杂交技术的基础上发展起来的一种非性分子细胞遗传技术，植物原位杂交，以荧光标记取代同位素标记而形成的一种新的原位杂交方法，荧光原位杂交技术，探针首先与某种介导分子（reporter molecule）结合，杂交后再通过细胞化学过程连接上荧光染料.fish的基本原理是将dna（或rna）探针用特殊的核苷酸分子标记，然后将探针直接杂交到染色体或dna纤维切片上，再用与荧光素分子偶联的单与探针分子特---结合来检测dna序列在染色体或dna纤维切片上的定性、定位、相对定量分析.fish具有安全、快速、灵敏度高、探针能长期保存、能同时显示多种颜色等优点，不但能显示中期分裂相，还能显示于间期核.同时在荧光原位杂交基础上又发展了多彩色荧光原位杂交技术和染色质纤维荧光原位杂交技术.
原位杂交是一种生物学技术，它可以在细胞或组织中特定部位检测dna或rna的存在，而不需要将dna或rna分离出来。这项技术使用标记的dna或rna探针，与细胞或组织中的相应dna或rna进行特---结合，然后通过光学显微镜或电子显微镜观察探针的位置和数量。
原位杂交的原理很简单。dna或rna分子具有互补的核苷酸序列，因此可以通过氢键相互结合。将标记的dna或rna探针与细胞中的dna或rna进行杂交，可以特---地检测这些探针的位置和数量。探针的数量和位置可以反映dna或rna在细胞中的水平和分布。
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