在ishh，整个实验周期是比较长的，实验程序也比较繁杂，gish，而杂交在ishh整个实验中可被认为是“短兵相接”的一步。杂交前的一切准备工作如增加组织通透性都是为了在杂交这一步骤中---探针能进入细胞或组织与其内的靶核苷酸相结合。因此，杂交是ishh中关键的而且是重要的一个环节。杂交是将杂交液滴于切片组织上，加盖硅化的盖玻片，防止孵育过程中的高温（50℃左右）导致杂交液的蒸发。为---杂交所需的湿润环境，可将其放在盛有少量5×ssc或2×ssc（standard saline citrate， ssc）溶液的硬塑料盒中进行孵育。杂交液的成分和预杂交液基本相同，所不同的是加入了标记的---探针和---葡聚糖。
原位杂交技术的技术流程
原位杂交技术的技术流程包括样本处理、探针制备、杂交反应和信号检测等步骤。样本处理包括组织或细胞的固定、包埋、切片和脱氧核糖---酶---等步骤，目的是保持组织或细胞的原始结构和---序列的完整性。探针制备包括标记探针、纯化和变性等步骤，目的是提高探针的特---和敏感性。杂交反应包括预杂交、杂交和洗脱等步骤，目的是使探针与目标---序列形成双链复合物。信号检测包括显色反应、荧光染色和性同位素标记等步骤，目的是可视化目标---序列的分布。
菌落的裂解及dna结合于纤维素滤膜
（1） 在一张保鲜膜上制作一个装有0.5mol/l naoh的小洼（0.75ml），使菌落面朝上，将滤膜放到小洼上，展平保鲜膜，使滤膜均匀湿润，让滤膜留于原处2-3分钟。
（2） 用干纸巾从滤膜的下方吸干滤膜，用一张新的保鲜膜和新配制的0.5mol/l naoh重复步骤（1）。
（3） 吸干滤膜，将滤膜转移到新的带有1mol/l tris·cl(ph7.4）的保鲜膜洼上。5分钟后吸干滤膜，再重复一次该步骤。
（4） 吸干滤膜，把它转移到有1.5mol/l nacl、0.5mol/l tris·cl (ph7.4）的保鲜膜小洼上5分钟后吸干滤膜，转移到一张干的滤纸上，置于室温20-30分钟，使滤膜干燥。
（5） 将滤膜夹在两张干的滤纸之间，在真空烤箱中于80℃干烤2小时，固定dna。
（6） 将固定在膜上的dna与32 p标记的rna进行杂交。
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