在ishh，整个实验周期是比较长的，实验程序也比较繁杂，而杂交在ishh整个实验中可被认为是“短兵相接”的一步。杂交前的一切准备工作如增加组织通透性都是为了在杂交这一步骤中---探针能进入细胞或组织与其内的靶核苷酸相结合。因此，杂交是ishh中关键的而且是重要的一个环节。杂交是将杂交液滴于切片组织上，加盖硅化的盖玻片，防止孵育过程中的高温（50℃左右）导致杂交液的蒸发。为---杂交所需的湿润环境，可将其放在盛有少量5×ssc或2×ssc（standard saline citrate， ssc）溶液的硬塑料盒中进行孵育。杂交液的成分和预杂交液基本相同，所不同的是加入了标记的---探针和---葡聚糖。
基因组原位杂交技术基因组原位杂交(genome in situ hybridization，gish)技术是20世纪80年代末发展起来的一种原位杂交技术。它主要是利用物种之间dna同源性的差异，用另一物种的基因组dna以适当的浓度作封阻，在靶染色体上进行原位杂交。gish技术初应用于动物方面的研究(pinkel et al.，原位杂交检测，1986)，在植物上早应用于小麦和栽培种的鉴定(余舜武等 2001；王文奎等 2000)。
原位杂交第二天
1.
1）将探针回收，放于－20c保存(通常探针可重复使用十次左右)。
2）加入50%---胺/2xssct溶液1毫升，60℃，放置30分钟，重复一次。
3）置换2xssct1ml，60℃，湖北原位杂交，放置15分钟。
4）置换0.2xssct1ml，60℃，放置30分钟，重复一次。
2.
1）用mabt洗两次，植物组织原位杂交，每次五分钟，放在摇床轻轻摇动。
2）室温下加1ml 1：2：7溶液，时间为一小时。
3）按1：3000的比例在1：2：7溶液中加入酶连，4c 冰箱过夜。
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