在原位杂交过程中，需要使用标记的---探针，通常是在性核素或非性物质中标记的。这些探针可以通过不同的方式制备，例如从已知序列的dna或rna制备，或者通过使用生物信息学方法设计和合成新的探针。
在进行原位杂交时，细胞或组织需要固定在适当的支持物上，例如载玻片。然后，探针与细胞或组织中的dna或rna进行杂交，通常是在加热条件下进行的。接下来，通过洗涤和显影步骤去除未结合的探针和信号增强剂，后用显微镜观察杂交信号的位置。
原位杂交技术（in situhybridization）是以标记的---分子为探针，在组织细胞原位检测特异---分子的技术。使含有特异序列、经过标记的---单链即探针，在适宜条件下与组织细胞中的互补---单链即靶---发生杂交，再以自显影或细胞化学方法对标记探针进行探测，gish，从而在细胞原位显示特异的dna或rna分子。
可以检测crna、mirna、lnrna、dna。可以各种种属的标本，包括哺乳动物、爬行动物、菌、植物标本。也可以检测组织芯片。
rna原位---杂交又称rna原位杂交组织化学或rna原位杂交。该技术是指运用crna或寡核苷酸等探针检测细胞和组织内rna表达的一种原位杂交技术。其基本原理是：在细胞或组织结构保持不变的条件下，用标记的已知的rna核苷酸片段，按---杂交中碱基配对原则，与待测细胞或组织中相应的基因片段相结合(杂交)，所形成的杂交体(hybrids)经显色反应后在光学显微镜或电子显微镜下观察其细胞内相应的mrna、rrna和trna分子。rna原位杂交技术经不断改进，其应用的领域已---出dna原位杂交技术。尤其在基因分析和诊断方面能作定性、定位和定量分析，已成为有效的分子病理学技术，同时在分析低丰度和罕见的mrna表达方面已展示了分子生物学的一重要方向。
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