细胞特---mrna转录的定位，可用于基因图谱，基因表达和基因组进化的研究；组织中---dna/rna的检测和定位，植物组织原位杂交，如eb---mrna、人类状瘤---和巨细胞---dna的检测；癌基因、抑癌基因及各种功能基因在转录水平的表达及其变化的检测；基因在染色体上的定位；检测染色体的变化，如染色体数量异常和染色体易位等；分裂间期细胞遗传学的研究，如遗传病的产前诊断和某些遗传病基因携带者的确定，某些的诊断和生物学剂量测定等。
在ishh，整个实验周期是比较长的，原位杂交技术，实验程序也比较繁杂，而杂交在ishh整个实验中可被认为是“短兵相接”的一步。杂交前的一切准备工作如增加组织通透性都是为了在杂交这一步骤中---探针能进入细胞或组织与其内的靶核苷酸相结合。因此，杂交是ishh中关键的而且是重要的一个环节。杂交是将杂交液滴于切片组织上，加盖硅化的盖玻片，防止孵育过程中的高温（50℃左右）导致杂交液的蒸发。为---杂交所需的湿润环境，可将其放在盛有少量5×ssc或2×ssc（standard saline citrate， ssc）溶液的硬塑料盒中进行孵育。杂交液的成分和预杂交液基本相同，所不同的是加入了标记的---探针和---葡聚糖。
原位杂交技术方法大致可分为：1.杂交前准备，包括固定、取材、玻片和组织的处理，如何增强---探针的穿透性、减低背景染色等；2.杂交；3.杂交后处理；4.显示（visualization）：包括性自显影和非性标记的显色。固定原位杂交组织化学技术在固定剂的应用和选择上应---到三个方面：保持细胞结构，限度地保持细胞内dna或rna的水平；使探针易于进入细胞或组织。dna是比较稳定的，mrna是相对稳定的但易为酶合成和降解。rna却绝然不同，非常容易被降解。因此，对于dna的定位来说，固定剂的种类和浓度并不十分重要。相反，在rna的定位上，湖北原位杂交，如果要使rna的降解减少到低限度，那么，不仅固定剂的种类浓度和固定的时间十分重要，而且取材后应尽快予以冷冻或固定。
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