原位杂交的基本原理是利用标记的---探针与细胞或组织中的dna或rna进行杂交，然后通过检测标记来识别探针的位置。这使得研究人员能够在细胞或组织中确定特定基因或基因组区域的位置和表达水平。
原位杂交可以用于多种类型的实验。例如，动物组织原位杂交，它可以用来检测特定基因在发育过程中的表达模式，或者确定特定基因变异在细胞中的分布。此外，原位杂交还可以用于诊断---，例如某些类型的，以及监测效果。
原位杂交技术是在一定的温度和离子浓度下，使具有特异序列的单链探针通过碱基互补规则与组织细胞内待测的---复性结合而使得组织细胞中的特------得到定位，并通过探针上所标记的检测系统将其在---的原有位置上显示出来。经特定标记的核苷酸链为探针，可与组织切片、细胞或染色体标本中的待检dn---段或mrna进行杂交，原位杂交技术，然后显示标记物，从而分析待检---的分布和含量。利用此项技术可研究各种基因在染色体上的定位，编码某种蛋白质的mrna在胞质中的表达。
以菌落原位杂交为例：对分散在若干个琼脂平板上的少数菌落（100-200）进行筛选时，可采用该方法。将这些菌落归并到一个琼脂主平板以及已置于第二个琼脂平板表面的一张纤维素滤膜上。经培养一段时间后，对菌落进行原位裂解。主平板应贮存于4℃直至得到筛选结果。
将少数菌落转移到纤维素滤膜上
（1） 在含有选择性的琼脂平板上放一张纤维素滤膜。
（2） 用无菌---将各个菌落先转移至滤膜上，再转移至含有选择性但未放滤膜的琼脂主平板上。应按一定的格子进行划线接种（或打点）。每菌落应分别划线于两个平板的相同位置上。后，在滤膜和主平板上同时划一个含有非重组质粒的菌落。
（3） 倒置平板，于37℃培养至划线的---菌落生长到0.5-1.0mm的宽度。
（4） 用已装防水黑色绘图墨水的针头穿透滤膜直至琼脂，原位杂交，在3个以上的不对称位置作标记。在主平板大致相同的位置上也作上标记。
（5） 用parafilm膜封好主平板，倒置贮放于4℃，直至获得杂交反应的结果。
（6） 裂解---，按本段下面所述方法，使释放的dna结合于纤维素滤膜。
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