原位杂交技术（in situhybridization）是以标记的---分子为探针，在组织细胞原位检测特异---分子的技术。使含有特异序列、经过标记的---单链即探针，在适宜条件下与组织细胞中的互补---单链即靶---发生杂交，再以自显影或细胞化学方法对标记探针进行探测，从而在细胞原位显示特异的dna或rna分子。
可以检测crna、mirna、lnrna、dna。可以各种种属的标本，包括哺乳动物、爬行动物、菌、植物标本。也可以检测组织芯片。
这一原理对于检测一个特异的mrna在某一种生物体，或者某些组织切片、单个细胞里具体表达位置非常有用。该技术早应用于60年代末期，由于---分子杂交的特---高，并可定位，因此该技术已被广泛应用，例如与细胞内rna进行杂交以观察该组织细胞中特定基因表达水平。原位杂交能在成分复杂的组织中进行单一细胞的研究而不受同一组织中其他成分的影响，因此对于那些细胞数量少且散在于其他组织中的细胞内dna或rna研究更为方便；同时由于原位杂交不需要从组织中提取---，对于组织中含量极低的靶序列有---的敏感性，并可完整地保持组织与细胞的形态，更能准确地反映出组织细胞的相互关系及功能状态。
原位杂交技术还在以下生物领域有应用：
细胞化学和学：原位杂交技术可以用于研究细胞内特定化学物质的定位和分布，例如检测细胞内酶、、神经递质等物质的分布和定位。此外，gish，还可以应用于学研究，例如检测细胞、分子的分布和定位等。
神经科学：在神经科学领域，原位杂交技术常被用于研究神经元的生长、发育和连接等过程。例如，通过标记特定基因的探针，可以检测神经元中特定基因的表达和定位，进而研究其在神经信号传递、神经环路形成等方面的作用。
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