植物原位杂交除了在遗传育种方面的应用，还在其他领域有着广泛的应用，包括：
植物基因表达模式研究：通过植物原位杂交技术可以检测特定基因在不同组织或不同生长条件下的表达模式，有助于了解基因的功能和作用机制。
植物基因组研究：植物原位杂交技术可以用于基因组研究，例如染色体构象、基因组变异和基因组进化等方面，有助于深入了解植物基因组的特征和结构。
原位杂交技术方法大致可分为：1.杂交前准备，包括固定、取材、玻片和组织的处理，如何增强---探针的穿透性、减低背景染色等；2.杂交；3.杂交后处理；4.显示（visualization）：包括性自显影和非性标记的显色。固定原位杂交组织化学技术在固定剂的应用和选择上应---到三个方面：保持细胞结构，限度地保持细胞内dna或rna的水平；使探针易于进入细胞或组织。dna是比较稳定的，mrna是相对稳定的但易为酶合成和降解。rna却绝然不同，非常容易被降解。因此，对于dna的定位来说，固定剂的种类和浓度并不十分重要。相反，在rna的定位上，如果要使rna的降解减少到低限度，gish，那么，不仅固定剂的种类浓度和固定的时间十分重要，而且取材后应尽快予以冷冻或固定。
在原位杂交过程中，需要使用标记的---探针，通常是在性核素或非性物质中标记的。这些探针可以通过不同的方式制备，例如从已知序列的dna或rna制备，或者通过使用生物信息学方法设计和合成新的探针。
在进行原位杂交时，细胞或组织需要固定在适当的支持物上，例如载玻片。然后，探针与细胞或组织中的dna或rna进行杂交，通常是在加热条件下进行的。接下来，通过洗涤和显影步骤去除未结合的探针和信号增强剂，后用显微镜观察杂交信号的位置。
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