和其它实验方法一样，必须同时设对照试验以证明其实验结果特---。对照试验的设置须根据---探针和靶核苷酸的种类和现有的可能条件去选定。ishh的优点是它的高度特---，它可测定组织、培养的单个细胞或细胞提取物中的核苷酸含量。应用高敏感度的性标记crna探针在理想的ishh的实验条件下检测mrna，其敏感度可达到20个mrna拷贝/每个细胞。由于双链dna的稳定性，在用ishh定位dna时很少发生丢失，荧光原位杂交，降解，湖北原位杂交，其敏感性高到能够显示在染色体铺片上，原位杂交检测，有时甚至在组织切片上的单个基因拷贝。正因为如此，植物原位杂交，对ishh结果的解释应持慎重态度，---是前人未报告过的新发现。
植物原位杂交除了在遗传育种方面的应用，还在其他领域有着广泛的应用，包括：
植物基因表达模式研究：通过植物原位杂交技术可以检测特定基因在不同组织或不同生长条件下的表达模式，有助于了解基因的功能和作用机制。
植物基因组研究：植物原位杂交技术可以用于基因组研究，例如染色体构象、基因组变异和基因组进化等方面，有助于深入了解植物基因组的特征和结构。
基因组原位杂交技术基因组原位杂交(genome in situ hybridization，gish)技术是20世纪80年代末发展起来的一种原位杂交技术。它主要是利用物种之间dna同源性的差异，用另一物种的基因组dna以适当的浓度作封阻，在靶染色体上进行原位杂交。gish技术初应用于动物方面的研究(pinkel et al.，1986)，在植物上早应用于小麦和栽培种的鉴定(余舜武等 2001；王文奎等 2000)。
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