植物原位杂交除了在遗传育种方面的应用，还在其他领域有着广泛的应用，包括：
植物基因研究：植物基因是一种利用基因工程技术来人类遗传---的方法。通过植物原位杂交技术，可以将人类基因导入到植物细胞中，并在植物细胞中表达出相应的蛋白质，gish，为基因提供重要的物质基础。
植物抗性研究：植物原位杂交技术可以用于研究植物对环境---的抗性机制，例如抗旱、抗盐、抗病等，有助于了解植物在环境---下的生理和分子响应机制。
植物比较研究：通过植物原位杂交技术可以比较不同植物之间基因表达模式的差异，从而为植物分类和进化研究提供重要的参考依据。
和其它实验方法一样，原位杂交，必须同时设对照试验以证明其实验结果特---。对照试验的设置须根据---探针和靶核苷酸的种类和现有的可能条件去选定。ishh的优点是它的高度特---，动物组织原位杂交，它可测定组织、培养的单个细胞或细胞提取物中的核苷酸含量。应用高敏感度的性标记crna探针在理想的ishh的实验条件下检测mrna，原位杂交技术，其敏感度可达到20个mrna拷贝/每个细胞。由于双链dna的稳定性，在用ishh定位dna时很少发生丢失，降解，其敏感性高到能够显示在染色体铺片上，有时甚至在组织切片上的单个基因拷贝。正因为如此，对ishh结果的解释应持慎重态度，---是前人未报告过的新发现。
原位杂交技术（in situhybridization）是以标记的---分子为探针，在组织细胞原位检测特异---分子的技术。使含有特异序列、经过标记的---单链即探针，在适宜条件下与组织细胞中的互补---单链即靶---发生杂交，再以自显影或细胞化学方法对标记探针进行探测，从而在细胞原位显示特异的dna或rna分子。
可以检测crna、mirna、lnrna、dna。可以各种种属的标本，包括哺乳动物、爬行动物、菌、植物标本。也可以检测组织芯片。
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