根据---探针标记物的种类分别进行自显影或利用酶检测系统进行不同显色处理。细胞或组织的原位杂交切片在显示后均可进行半定量的测定，如自显影可利用人工或计算机辅助的图象分析检测仪（computer-assisted image ---ysis）检测银粒的数量和分布的差异。非性---探针杂交的细胞或组织可利用酶检测系统显色，然后利用显微分光光度计或图像分析仪对不同类型和数量的---的显色强度进行检测。
在原位杂交过程中，需要使用标记的---探针，通常是在性核素或非性物质中标记的。这些探针可以通过不同的方式制备，例如从已知序列的dna或rna制备，植物组织原位杂交，或者通过使用生物信息学方法设计和合成新的探针。
在进行原位杂交时，细胞或组织需要固定在适当的支持物上，例如载玻片。然后，荧光原位杂交，探针与细胞或组织中的dna或rna进行杂交，通常是在加热条件下进行的。接下来，通过洗涤和显影步骤去除未结合的探针和信号增强剂，后用显微镜观察杂交信号的位置。
在ishh，整个实验周期是比较长的，实验程序也比较繁杂，而杂交在ishh整个实验中可被认为是“短兵相接”的一步。杂交前的一切准备工作如增加组织通透性都是为了在杂交这一步骤中---探针能进入细胞或组织与其内的靶核苷酸相结合。因此，杂交是ishh中关键的而且是重要的一个环节。杂交是将杂交液滴于切片组织上，加盖硅化的盖玻片，湖北原位杂交，防止孵育过程中的高温（50℃左右）导致杂交液的蒸发。为---杂交所需的湿润环境，动物组织原位杂交，可将其放在盛有少量5×ssc或2×ssc（standard saline citrate， ssc）溶液的硬塑料盒中进行孵育。杂交液的成分和预杂交液基本相同，所不同的是加入了标记的---探针和---葡聚糖。
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