植物原位杂交在遗传育种方面的应用主要包括：
异源染色质及多种染色体畸变检测：通过远缘杂交把有用遗传物质基因的异源染色质渐渗到植物中。如带有几种抗病基因的黑麦1r染色体已被整合到许多高产的小麦品种中。原位杂交技术则是鉴定外源染色体(质)的有效手段。
基因组印记研究：基因组印记是指一个基因的两条染色体上的dna序列存在差异。通过植物原位杂交技术，可以检测到基因组印记的存在和分布，从而帮助确定基因组的进化、遗传和功能特征。
原位杂交是一种生物学技术，它可以在细胞或组织中特定部位检测dna或rna的存在，gish，而不需要将dna或rna分离出来。这项技术使用标记的dna或rna探针，与细胞或组织中的相应dna或rna进行特---结合，然后通过光学显微镜或电子显微镜观察探针的位置和数量。
原位杂交的原理很简单。dna或rna分子具有互补的核苷酸序列，因此可以通过氢键相互结合。将标记的dna或rna探针与细胞中的dna或rna进行杂交，可以特---地检测这些探针的位置和数量。探针的数量和位置可以反映dna或rna在细胞中的水平和分布。
荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization，fish)技术是在已有的性原位杂交技术的基础上发展起来的一种非性dna分子原位杂交技术。它利用荧光标记的---片段为探针，与染色体上或dna显微切片上的特异fl-n：~行杂交，通过荧光检测系统(荧光显微镜)检测信号dna序列在染色体或dna显微切片上的目的dna序列，进而确定其杂交位点。fish技术检测时间短，检测灵敏度高，无污染，已广泛应用于染色体的鉴定、基因定位和异常染色体检测等领域。
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