植物原位杂交在遗传育种方面的应用主要包括：
异源染色质及多种染色体畸变检测：通过远缘杂交把有用遗传物质基因的异源染色质渐渗到植物中。如带有几种抗病基因的黑麦1r染色体已被整合到许多高产的小麦品种中。原位杂交技术则是鉴定外源染色体(质)的有效手段。
基因组印记研究：基因组印记是指一个基因的两条染色体上的dna序列存在差异。通过植物原位杂交技术，可以检测到基因组印记的存在和分布，从而帮助确定基因组的进化、遗传和功能特征。
原位杂交第二天
1.
1）将探针回收，放于－20c保存(通常探针可重复使用十次左右)。
2）加入50%---胺/2xssct溶液1毫升，60℃，放置30分钟，重复一次。
3）置换2xssct1ml，60℃，放置15分钟。
4）置换0.2xssct1ml，60℃，放置30分钟，重复一次。
2.
1）用mabt洗两次，每次五分钟，放在摇床轻轻摇动。
2）室温下加1ml 1：2：7溶液，gish，时间为一小时。
3）按1：3000的比例在1：2：7溶液中加入酶连，4c 冰箱过夜。
原位杂交法是指将特定标记的已知顺序---为探针与细胞或组织切片中---进行杂交，从而对特定---顺序进行定量定位的方法。原位杂交法可以在细胞标本或组织标本上进行。另有荧光原位杂交使用dna或者rna探针来检测与其互补的另一条链在---或其他真核细胞中的位置rna原位---杂交又称rna原位杂交组织化学或rna原位杂交。
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