除了洋葱亚细胞定位，还有许多其他亚细胞定位方法。其中，比较常见的有：
荧光法：将学方法与荧光标记技术结合起来研究特异蛋白抗原在细胞内分布的方法。由于荧光素所发的荧光可在荧光显微镜下检出，从而可对抗原进行细胞定位。用荧光技术显示和检查细胞或组织内抗原或半抗原物质等也称为荧光细胞(或组织)化学技术。
gfp融合蛋白表达法：将目的蛋白与绿色荧光蛋白(gfp)融合，通过荧光显微镜观察绿色荧光蛋白的表达位置。
亚细胞结构分离定位法。
为什么有的共定位图片中叶绿体通道是玫红色？
在拟南芥、、玉米、大麦、小麦等材料中，种植培养苗子时是正常接受光照的，叶片中含有大量叶绿体，而叶绿素在640nm左右的激发光下可产生红色的自发荧光。当在这些含叶绿体较多的受体材料中做共定位实验时，共定位marker一般为红色荧光（在560nm左右的激发光下），实验及共---拍摄时两个波长通道的荧光互不影响，但视野下看着比较混淆，尤其叠加后二者不易分清，因此只是在颜色显示---叶绿体自发荧光设置为玫红色，以显示和共定位marker的区别。
bifc技术具有许多优点，例如高灵敏度、高特---和高分辨率。它不仅可以用于研究细胞内蛋白质-蛋白质相互作用，还可以用于研究蛋白质-dna相互作用和蛋白质-脂质相互作用。此外，bifc技术还可以用于筛选和---，双分子荧光互补，因为它可以快速检测出对蛋白质-蛋白质相互作用的影响。
然而，bifc技术也存在一些局限性。例如，荧光蛋白可能会对细胞产生毒性作用，而且荧光信号的检测可能需要昂贵的仪器设备。此外，荧光蛋白的荧光信号可能会受到细胞内其他物质的干扰，从而影响结果的准确性。
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