原位杂交技术方法大致可分为：1.杂交前准备，包括固定、取材、玻片和组织的处理，如何增强---探针的穿透性、减低背景染色等；2.杂交；3.杂交后处理；4.显示（visualization）：包括性自显影和非性标记的显色。固定原位杂交组织化学技术在固定剂的应用和选择上应---到三个方面：保持细胞结构，限度地保持细胞内dna或rna的水平；使探针易于进入细胞或组织。dna是比较稳定的，mrna是相对稳定的但易为酶合成和降解。rna却绝然不同，非常容易被降解。因此，gish，对于dna的定位来说，固定剂的种类和浓度并不十分重要。相反，在rna的定位上，如果要使rna的降解减少到低限度，那么，不仅固定剂的种类浓度和固定的时间十分重要，而且取材后应尽快予以冷冻或固定。
原位杂交技术（in situhybridization）是以标记的---分子为探针，在组织细胞原位检测特异---分子的技术。使含有特异序列、经过标记的---单链即探针，在适宜条件下与组织细胞中的互补---单链即靶---发生杂交，再以自显影或细胞化学方法对标记探针进行探测，从而在细胞原位显示特异的dna或rna分子。
可以检测crna、mirna、lnrna、dna。可以各种种属的标本，包括哺乳动物、爬行动物、菌、植物标本。也可以检测组织芯片。
基因组原位杂交技术基因组原位杂交(genome in situ hybridization，gish)技术是20世纪80年代末发展起来的一种原位杂交技术。它主要是利用物种之间dna同源性的差异，用另一物种的基因组dna以适当的浓度作封阻，在靶染色体上进行原位杂交。gish技术初应用于动物方面的研究(pinkel et al.，1986)，在植物上早应用于小麦和栽培种的鉴定(余舜武等 2001；王文奎等 2000)。
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