植物原位杂交在遗传育种方面的应用主要包括：
异源染色质及多种染色体畸变检测：通过远缘杂交把有用遗传物质基因的异源染色质渐渗到植物中。如带有几种抗病基因的黑麦1r染色体已被整合到许多高产的小麦品种中。原位杂交技术则是鉴定外源染色体(质)的有效手段。
基因组印记研究：基因组印记是指一个基因的两条染色体上的dna序列存在差异。通过植物原位杂交技术，可以检测到基因组印记的存在和分布，从而帮助确定基因组的进化、遗传和功能特征。
而是对完整的斑马鱼胚胎进行探针杂交及检测，从整体上把握探针的结合部位，然后对胚胎进行切片，以确定探针结合的具---置。整胚原位杂交在斑马鱼分子生物学研究中是一种非常重要的实验方法，原位杂交的探针可以是同位素的探针，原位杂交，用自显影来检测；也可以是非同位素的探针，通过荧光或酶法予以检测。我们这儿所介绍的一种原位杂交的方法是通过后者，以标记探针，ish，然后用酶联的方法进行检测。
植物原位杂交除了在遗传育种方面的应用，还在其他领域有着广泛的应用，包括：
植物基因研究：植物基因是一种利用基因工程技术来人类遗传---的方法。通过植物原位杂交技术，可以将人类基因导入到植物细胞中，并在植物细胞中表达出相应的蛋白质，为基因提供重要的物质基础。
植物抗性研究：植物原位杂交技术可以用于研究植物对环境---的抗性机制，植物染色体原位杂交，例如抗旱、抗盐、抗病等，有助于了解植物在环境---下的生理和分子响应机制。
植物比较研究：通过植物原位杂交技术可以比较不同植物之间基因表达模式的差异，从而为植物分类和进化研究提供重要的参考依据。
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