和其它实验方法一样，必须同时设对照试验以证明其实验结果特---。对照试验的设置须根据---探针和靶核苷酸的种类和现有的可能条件去选定。ishh的优点是它的高度特---，它可测定组织、培养的单个细胞或细胞提取物中的核苷酸含量。应用高敏感度的性标记crna探针在理想的ishh的实验条件下检测mrna，其敏感度可达到20个mrna拷贝/每个细胞。由于双链dna的稳定性，在用ishh定位dna时很少发生丢失，降解，染色体原位杂交，其敏感性高到能够显示在染色体铺片上，有时甚至在组织切片上的单个基因拷贝。正因为如此，对ishh结果的解释应持慎重态度，---是前人未报告过的新发现。
这一原理对于检测一个特异的mrna在某一种生物体，或者某些组织切片、单个细胞里具体表达位置非常有用。该技术早应用于60年代末期，由于---分子杂交的特---高，并可定位，因此该技术已被广泛应用，例如与细胞内rna进行杂交以观察该组织细胞中特定基因表达水平。原位杂交能在成分复杂的组织中进行单一细胞的研究而不受同一组织中其他成分的影响，因此对于那些细胞数量少且散在于其他组织中的细胞内dna或rna研究更为方便；同时由于原位杂交不需要从组织中提取---，对于组织中含量极低的靶序列有---的敏感性，并可完整地保持组织与细胞的形态，更能准确地反映出组织细胞的相互关系及功能状态。
原位杂交法是指将特定标记的已知顺序---为探针与细胞或组织切片中---进行杂交，从而对特定---顺序进行定量定位的方法。原位杂交法可以在细胞标本或组织标本上进行。另有荧光原位杂交使用dna或者rna探针来检测与其互补的另一条链在---或其他真核细胞中的位置rna原位---杂交又称rna原位杂交组织化学或rna原位杂交。
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