植物原位杂交的应用包括：
研究基因表达：通过观察荧光信号的位置和数量，可以确定目标基因在植物组织中的表达模式和位置。
染色体定位：将目标基因与染色体中的特定位置进行比较，可以确定目标基因在染色体中的位置和分布。
基因：通过原位杂交技术，可以确定目标基因的序列和位置，为基因提供重要的参考信息。
检测物种或品种特---：通过原位杂交技术可以检测出不同物种或品种之间基因表达的差异，从而为物种或品种特---研究提供依据。
遗传育种：通过原位杂交技术可以检测出不同品种之间基因表达的差异，从而为遗传育种提供重要的参考信息。
原位杂交第三天
1） 用1ml含10％热灭清的mabt溶液置换溶液，放置摇床上25分钟，然后用1mlmabt置换，25分钟，gish，再用1mlmabt溶液置换，一小时以上，后用1mlmabt溶液置换，25分钟。
2） 用1ml 1mm左旋米睉的staining buffer洗三次，每次放置五分钟。
3）将胚胎转入十六孔板中，吸去staining buffer，加上300ul bm purple ap substrate(底物，用之前加5mm左旋米唑)，十六孔板外面包上锡箔纸以避光，避免摇动，室温下显色。
4）每隔一小时观察胚胎是否开始显色
5）将显色完全的胚胎中的底物吸出，用pbst洗两三次后加上4％---固定，拍照。
6）4c冰箱保存。
和其它实验方法一样，必须同时设对照试验以证明其实验结果特---。对照试验的设置须根据---探针和靶核苷酸的种类和现有的可能条件去选定。ishh的优点是它的高度特---，它可测定组织、培养的单个细胞或细胞提取物中的核苷酸含量。应用高敏感度的性标记crna探针在理想的ishh的实验条件下检测mrna，其敏感度可达到20个mrna拷贝/每个细胞。由于双链dna的稳定性，在用ishh定位dna时很少发生丢失，降解，其敏感性高到能够显示在染色体铺片上，有时甚至在组织切片上的单个基因拷贝。正因为如此，对ishh结果的解释应持慎重态度，---是前人未报告过的新发现。
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