原位杂交是在分子生物学领域应用---广泛的实验技术之一，是在研究生物体发育过程中的一种---重要的分子遗传学的研究方法。其英文名为in situ hybridization，其中in situ为拉丁文，原义是in its natural ition. 字面的意思理解就是说在其原来的天然的位置处杂交。原位杂交主要是基于以下这个主要原理：单链的dna或者rna只要他们的序列是互补的，荧光原位杂交，即符合at，cg的碱基配对原则，那么这样的两条---链之间（dna-dna，dna-rna，rna-rna）就可以形成一个稳定的杂交复合体。
植物原位杂交在遗传育种方面的应用主要包括：
异源染色质及多种染色体畸变检测：通过远缘杂交把有用遗传物质基因的异源染色质渐渗到植物中。如带有几种抗病基因的黑麦1r染色体已被整合到许多高产的小麦品种中。原位杂交技术则是鉴定外源染色体(质)的有效手段。
基因组印记研究：基因组印记是指一个基因的两条染色体上的dna序列存在差异。通过植物原位杂交技术，可以检测到基因组印记的存在和分布，从而帮助确定基因组的进化、遗传和功能特征。
基因组原位杂交技术基因组原位杂交(genome in situ hybridization，gish)技术是20世纪80年代末发展起来的一种原位杂交技术。它主要是利用物种之间dna同源性的差异，用另一物种的基因组dna以适当的浓度作封阻，在靶染色体上进行原位杂交。gish技术初应用于动物方面的研究(pinkel et al.，1986)，在植物上早应用于小麦和栽培种的鉴定(余舜武等 2001；王文奎等 2000)。
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