---原位杂交可根据其检测物而分为细胞内原位杂交和组织切片内原位杂交；根据其所用探针及所要检测---的不同又可分为dna-dna， rna-dna， rna-rna杂交。但不论哪种杂交都必须经过组织细胞的固定，预杂交，杂交，冲等一系列洗步骤及自显影或酶法显色以显示杂交结果。
我们在这儿介绍的是整胚原位杂交，不同于一般的在载片上对细胞和组织切片进行探针杂交及检测的原位杂交，
在ishh，整个实验周期是比较长的，实验程序也比较繁杂，而杂交在ishh整个实验中可被认为是“短兵相接”的一步。杂交前的一切准备工作如增加组织通透性都是为了在杂交这一步骤中---探针能进入细胞或组织与其内的靶核苷酸相结合。因此，杂交是ishh中关键的而且是重要的一个环节。杂交是将杂交液滴于切片组织上，加盖硅化的盖玻片，防止孵育过程中的高温（50℃左右）导致杂交液的蒸发。为---杂交所需的湿润环境，可将其放在盛有少量5×ssc或2×ssc（standard saline citrate， ssc）溶液的硬塑料盒中进行孵育。杂交液的成分和预杂交液基本相同，动物组织原位杂交，所不同的是加入了标记的---探针和---葡聚糖。
原位杂交第三天
1） 用1ml含10％热灭清的mabt溶液置换溶液，放置摇床上25分钟，然后用1mlmabt置换，25分钟，再用1mlmabt溶液置换，一小时以上，后用1mlmabt溶液置换，25分钟。
2） 用1ml 1mm左旋米睉的staining buffer洗三次，每次放置五分钟。
3）将胚胎转入十六孔板中，吸去staining buffer，加上300ul bm purple ap substrate(底物，用之前加5mm左旋米唑)，十六孔板外面包上锡箔纸以避光，避免摇动，室温下显色。
4）每隔一小时观察胚胎是否开始显色
5）将显色完全的胚胎中的底物吸出，用pbst洗两三次后加上4％---固定，拍照。
6）4c冰箱保存。
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