植物原位杂交除了在遗传育种方面的应用，还在其他领域有着广泛的应用，包括：
植物基因表达模式研究：通过植物原位杂交技术可以检测特定基因在不同组织或不同生长条件下的表达模式，有助于了解基因的功能和作用机制。
植物基因组研究：植物原位杂交技术可以用于基因组研究，例如染色体构象、基因组变异和基因组进化等方面，有助于深入了解植物基因组的特征和结构。
原位杂交第三天
1） 用1ml含10％热灭清的mabt溶液置换溶液，放置摇床上25分钟，湖北原位杂交，然后用1mlmabt置换，25分钟，再用1mlmabt溶液置换，一小时以上，后用1mlmabt溶液置换，25分钟。
2） 用1ml 1mm左旋米睉的staining buffer洗三次，每次放置五分钟。
3）将胚胎转入十六孔板中，吸去staining buffer，加上300ul bm purple ap substrate(底物，用之前加5mm左旋米唑)，十六孔板外面包上锡箔纸以避光，避免摇动，荧光原位杂交，室温下显色。
4）每隔一小时观察胚胎是否开始显色
5）将显色完全的胚胎中的底物吸出，用pbst洗两三次后加上4％---固定，gish，拍照。
6）4c冰箱保存。
根据---探针标记物的种类分别进行自显影或利用酶检测系统进行不同显色处理。细胞或组织的原位杂交切片在显示后均可进行半定量的测定，如自显影可利用人工或计算机辅助的图象分析检测仪（computer-assisted image ---ysis）检测银粒的数量和分布的差异。非性---探针杂交的细胞或组织可利用酶检测系统显色，然后利用显微分光光度计或图像分析仪对不同类型和数量的---的显色强度进行检测。
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