原位杂交技术可以应用于以下场景：
组织中---dna/rna的检测和定位。例如，可以用于检测eb---mrna、人类状瘤---和巨细胞---dna等。
癌基因、抑癌基因及其他各种功能基因在转录水平的表达及其变化的检测。
检测染色体的变化，gish，如染色体数量异常和染色体易位等。
在植物基因组研究中的应用。例如，通过与特定基因序列的探针进行杂交，可以在植物染色体上定位到目标基因的位置，进而构建遗传图谱，为植物育种和基因组研究提供基础数据。
rna原位---杂交又称rna原位杂交组织化学或rna原位杂交。该技术是指运用crna或寡核苷酸等探针检测细胞和组织内rna表达的一种原位杂交技术。其基本原理是：在细胞或组织结构保持不变的条件下，用标记的已知的rna核苷酸片段，按---杂交中碱基配对原则，与待测细胞或组织中相应的基因片段相结合(杂交)，所形成的杂交体(hybrids)经显色反应后在光学显微镜或电子显微镜下观察其细胞内相应的mrna、rrna和trna分子。rna原位杂交技术经不断改进，其应用的领域已---出dna原位杂交技术。尤其在基因分析和诊断方面能作定性、定位和定量分析，已成为有效的分子病理学技术，同时在分析低丰度和罕见的mrna表达方面已展示了分子生物学的一重要方向。
以菌落原位杂交为例：对分散在若干个琼脂平板上的少数菌落（100-200）进行筛选时，可采用该方法。将这些菌落归并到一个琼脂主平板以及已置于第二个琼脂平板表面的一张纤维素滤膜上。经培养一段时间后，对菌落进行原位裂解。主平板应贮存于4℃直至得到筛选结果。
将少数菌落转移到纤维素滤膜上
（1） 在含有选择性的琼脂平板上放一张纤维素滤膜。
（2） 用无菌---将各个菌落先转移至滤膜上，再转移至含有选择性但未放滤膜的琼脂主平板上。应按一定的格子进行划线接种（或打点）。每菌落应分别划线于两个平板的相同位置上。后，在滤膜和主平板上同时划一个含有非重组质粒的菌落。
（3） 倒置平板，于37℃培养至划线的---菌落生长到0.5-1.0mm的宽度。
（4） 用已装防水黑色绘图墨水的针头穿透滤膜直至琼脂，在3个以上的不对称位置作标记。在主平板大致相同的位置上也作上标记。
（5） 用parafilm膜封好主平板，倒置贮放于4℃，直至获得杂交反应的结果。
（6） 裂解---，按本段下面所述方法，使释放的dna结合于纤维素滤膜。
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